[begemot]

Надо компоновать таким образом чтоб паразитки не образовывали канал прохождения наводки. Иначе EMI фильтр не будет эффективно работать.
Я встречал криво спроектированные импульсные БП в которых при наличии нескольких звеньев фильтров подавление было очень низким
из-за паразитных связей. При этом разработчик продолжал добавлять фильтры (и цену, соответственно) вместо того чтоб нормально скомпоновать.
В принципе, одно из простейших средств-увеличивать расстояние. При Вашей компоновке "бутербродом" это будет не тривиальной задачей.
Хотя и возможно.
Что касается коннектора, насколько я помню, сам пин 100мил разьёма может выдерживать 1.5-2А. Но при этом сопротивление контактов может быть
порядка 25-30 милиОм. Надо конечно посмотреть данные на конкретный коннектор. Поэтому их желательно соединять по нескольку контактов в параллель.
Чтоб минимизировать это сопротивление. Для Ваших токов это не очень существенно, но я бы соединил штуки 3-4 в параллель на выходе. Ну и землю соответственно.
Для входа это не принципиально, я бы использовал 2 в параллель просто для надёжности.